Η πείρα αυτών των ετών έδειξε στον π. Βενιαμίνωφ ότι, όσο καρποφόρα και αν είναι η δράση ενός ιεραποστόλου, δεν είναι αρκετή. Χρειαζόταν κάτι συστηματικότερο και οργανωμένο για την αξιοποίηση των τόσων ευκαιριών που προσφέρονταν. Αφού λοιπόν συγκέντρωσε όσα στοιχεία μπορούσε, κατέστρωσε ένα ειδικό σχέδιο για τον εκχριστιανισμό της χώρας, το οποίο αποφάσισε να υποβάλει αυτοπροσώπως στην Ιερά Σύνοδο της Ρωσικής Εκκλησίας.

Το 1838 έστειλε τη σύζυγό του με τα δύο μεγαλύτερα παιδιά του από τον συνηθισμένο δρόμο του Ιρκούτσκ και ο ίδιος με τη μικρότερη κόρη του παρέκαμψε την Αμερική και το ακρωτήριο Χορν και ήρθε στην Αργεντινή. Από εκεί, μέσω Αγγλίας και Δανίας, έφθασε τον Ιούνιο του 1839 στην Πετρούπολη, ύστερα από επτάμισι μήνες ταξίδι.

Οι εκθέσεις, οι αφηγήσεις, προπαντός όμως η βαθιά του ευσέβεια έκαναν μεγάλη εντύπωση σε όλους όσοι τον γνώρισαν. Ακόμη και στους επιστημονικούς κύκλους απέκτησε μεγάλη εκτίμηση για τα εθνογραφικά έργα που είχε ετοιμάσει. Πολλοί προθυμοποιήθηκαν να προσφέρουν χρήματα για την Ιεραποστολή της Αλάσκας.

Ξαφνικά όμως μια είδηση τον συγκλόνισε. Η σύζυγός του, που με τόση αφοσίωση είχε μοιραστεί μαζί του τις κακουχίες της Ιεραποστολικής ζωής, πέθανε στη Σιβηρία. Ένα σωρό πολύπλοκα προβλήματα ορθώθηκαν εμπρός στον Ιεραπόστολο, με κίνδυνο να ματαιώσουν το έργο του. Πώς θα μπορούσε στο μέλλον να συνδυάσει τη φροντίδα της οικογένειάς του με τη δύσκολη αποστολή του;

Σ’ αυτές τις φοβερές στιγμές, με πατρική στοργή στάθηκε κοντά του ο περίφημος Μητροπολίτης Μόσχας Φιλάρετος Ντβοζντώφ (1821-1867). Εάν ο πατήρ Ιωάννης αποφάσιζε να προχωρήσει στο έργο του, θα ανελάμβανε ο Φιλάρετος την ανατροφή των ανήλικων παιδιών του. Ο πατήρ Βενιαμίνωφ πάλεψε πολύ με την καρδιά του. Τελικά, με σεμνό ηρωισμό, είπε «ναι» στη φωνή του Θεού και προχώρησε στη ζωή του ιεραποστόλου μοναχού. Αργότερα ήρθε για να βοηθήσει στο έργο του και ο γιος του.

Το σχέδιο Ιεραποστολικής δράσεως, το οποίο είχε ετοιμάσει, έγινε απολύτως δεκτό από την ιερά Σύνοδο -τον Νοέμβριο του 1840 τον χειροτόνησαν Επίσκοπο Καμτσάτκας και Αλάσκας με το όνομα Ιννοκέντιος- και του ανέθεσαν να το εφαρμόσει προσωπικά.

Τον Ιανουάριο του 1841 αναχώρησε από τη Ρωσία. Πέρασε πρώτα από το Ιρκούτσκ, που είχε να το δει 18 χρόνια, για ν’ αποχαιρετήσει τα παιδιά του, πετάχτηκε ως το Ανγκίσκοε να δει τη γερόντισσα μητέρα του και από κει προχώρησε στην απέραντη επισκοπή του, την απλωμένη στη σιωπή των πάγων και στα άγρια κύματα του Ειρηνικού. Πήγαινε με το ευαγγέλιο της ειρήνης και τη θέρμη της αγίας ψυχής του, για να φέρει την άνοιξη μιας νέας ζωής εκεί που οι πάγοι της ειδωλολατρίας πλάκωναν δεκάδες φυλές.