Το 391 καταστράφηκε το Σαραπείο. Οι πηγές Ρουφίνου, Αφθόνιου και Ορόσιου επιτρέπουν εις τον Butler να συμπεράνει ότι τον Ε’ αιώνα δεν υπάρχει μεγάλη βιβλιοθήκη εις την Αλεξάνδρεια παρά μόνο όσα σώζονταν εις μοναστήρια, σε ιδιωτικές συλλογές και σε διδακτήρια. Είχε προλάβει φυσικά να τα καταστρέψει ο ειδωλολάτρης Καίσσαρας στον καιρό τής Κλεοπάτρας!

Ο ιερός Επιφάνειος επίσκοπος στην Σαλαμίνα της Κύπρου γράφει το 392 μ.Χ. «Τα ιερά βιβλία των Εβραίων μεταφράσθηκαν επί Φιλάδελφου και κατατέθηκαν εις την πρώτη βιβλιοθήκη του Βρουχίου. Αργότερα ιδρύθηκε νέα βιβλιοθήκη εις το Σαράπειο της οποίας τα βιβλία ήταν λιγότερα από εκείνη του Βρουχίου και γι αυτό ονομάστηκε «θυγάτηρ» (θυγατρική) της πρώτης. Σε αυτήν συγκεντρώθηκαν οι μεταφράσεις της Αγίας Γραφής που εκπονήθηκαν από τον Ακουΐλα τον Σύμμαχο, του Θεοδοτίου και άλλων και κατατέθηκαν στην βιβλιοθήκη του Σαραπείου 250 έτη και πλέον από την μετάφραση των Ο΄ εις την βιβλιοθήκη του Μουσείου διότι από το 7^ο έτος της βασιλείας του Φιλάδελφου, όπου έγινε αυτή έως την Κλεοπάτρα είναι 249 χρόνια.» («Μέτρα και Σταθμά» ΙΑ΄). Ας σημειώσω ότι ονομάστηκε «θυγάτηρ», όχι διότι είχε λιγότερα βιβλία, αλλά διότι είχε καταρτισθεί εκ των διπλών της του Βρουχίου. Τέλος ο Αφθόνιος περιγράφοντας το Σαράπειο το οποίο επισκέφτηκε, λέει: «Η βιβλιοθήκη αυτή, ανοικτή εις το δημόσιο σε κάθε ώρα, είναι για την πόλη ολόκληρη μόνιμη πρόσκληση εις θεραπεία της σοφίας».

Φαίνεται ακόμη βέβαιο ότι ούτε και στην καταστροφή του Σαραπείου το 391 πειράχτηκε  η βιβλιοθήκη του. Διότι οι Ρουφίνος, Σωκράτης, Σωζομενός και Θεοδώρητος διατείνονται ότι μόνο οι ναοί και τα είδωλα κατεστράφησαν όχι δε και τα υπόλοιπα οικοδομήματα. Ως και ο Εθνικός Ευνάπιος κατά τις αρχές του Ε’ αιώνα μ.Χ. θρηνώντας την καταστροφή της ακροπόλεως του Εθνισμού δεν λέει τίποτα περί βιβλίων, παρ’ όλη την αγανάκτησή του, περί τής καταστροφής.

Η μαρτυρία του Ορόσιου γενικά παραμορφώνεται. Ο Ορόσιος δεν είπε ότι «είδε τις θήκες των βιβλίων κενές» αλλά το αντίθετο. Ο Παύλος Ορόσιος έζησε κατά τον Ε’ αιώνα. Το 414 , νεότατος ακόμη, επισκέφτηκε την πόλη. Το αυτό μαρτυρούν 2 επιστολές του Αγίου Αυγουστίνου η μία προς τον Ιερώνυμο (LXVI,2) η δε άλλη προς τον τον Ευόδιο (CLXIX 13). Γράφει λοιπόν αυτολεξεί εις την «Παγκόσμιο Ιστορία» του: «Ο Καίσαρας έβαλε φωτιά στον βασιλικό στόλο ο οποίος βρίσκοντας εις την ξηράς την ακτή. Η φωτιά μεταδόθηκε και έκαψε 400.000 τόμων που φυλάσσονταν σε γειτονικό οίκημα. Και όμως υπάρχουν ακόμη και σήμερα εις τους ναούς βιβλιοθήκες τις οποίες είδα ως αυτόπτης. Αλλά επειδή λένε οι συγγραφείς ότι οι δικοί μας κένωσαν τις θήκες των βιβλίων (με την φωτιά), και αυτό είναι αληθέστατο, είναι ανάγκη να πούμε ότι μετά την πυρκαγιά λήφθηκε φροντίδα για την προμήθεια νέας συλλογής βιβλίων, εξ άμιλλας προς τον επιστημονικό ζήλο των αρχαίων, παρά να δεχθούμε ότι υπήρχε άλλη εκτός εκείνης των 400.000 τόμων, δηλαδή άλλη που θα έμενε ανέπαφη κατά την καταστροφή εκείνη» (Hist. Univ. VI 15).

Τον Στ’ αιώνα έχουμε την μαρτυρία του Αμμωνίου ο οποίος όχι μόνο αναφέρει την «μεγάλη βιβλιοθήκη» της Αλεξάνδρειας αλλά επί των ημερών του υπήρχαν 40 αντίγραφα των Αναλυτικών του Αριστοτέλη και 2 αντίγραφα των Κατηγοριών του. Μαθητής του Αμμωνίου αυτού υπήρξε ο Ιωάννης  Φιλόπονος. Ο Βίκτωρ Nourisson επιμελητής της Δημαρχιακής βιβλιοθήκης Αλεξανδρείας σε διάλεξή του στις 3 Μαρτίου του 1893 είπε ότι «μετά την άλωση του Σαραπείου από τον Θεόφιλο, η βιβλιοθήκη λεηλατήθηκε μεθοδικά και τα βιβλία στάλθηκαν στην Ρώμη και στην Κωνσταντινούπολη , όπου ο Θεοδόσιος ο Β’ καταγίνονταν να καταρτίσει μεγάλη συλλογή βιβλίων» (bull. Ste Khed Geogr. VII serie Νο 10 p. 562). Άρα εφόσον πάρθηκαν τα βιβλία σε άλλες βιβλιοθήκες, τα βιβλία ΔΕΝ ΕΙΧΑΝ ΚΑΤΑΣΤΡΑΦΕΙ. Αντιθέτως, αν είναι αλήθεια το ότι λεηλατήθηκαν, δείχνει ότι η αξία τους εκτιμάτο, και δεν χάθηκαν, αλλά μεταφέρθηκαν αλλού.

Από τα παραπάνω, βγαίνει αβίαστα το συμπέρασμα, ότι αυτοί που έκαψαν τα βιβλία τών φιλοσόφων, τών Χριστιανών, ακόμα και τη βιβλιοθήκη τής Αλεξανδρείας με τον ομόπιστό τους ειδωλολάτρη Καίσαρα, (που έκαψε 400.000 τόμους βιβλίων), ψευδώς κατηγορούν τους Χριστιανούς για τα δικά τους εγκλήματα.