Aya Triyada
İlk inşa edilen kilisedir, 1865′te yeniden inşa edildiği bilinmektedir. Bakkal Sokağı’ndaki bir arsa üzerindedir. Ayvalık kent mirasının taşıyıcılarından olan bu yapı dönemin mahalli kiliselerindendir. Dikdörtgen planlı kilisenin, giriş cephesi sarımsak taşından yapılmış sütunlu ve kemerli galeri mekânı ile vurgulanmıştır.
Ayios Dimitriyos
Doğuya bakan yönde, yel değirmenlerine yakın bir yerde olduğu hakkında sadece rivayetler bulunmaktadır.
Panayia Kilisesi
1850′de ikinci kez inşa edilmiş olan bu kilisenin Bakkal Sokağının başında, iki ve bir yarım duvarı kalmıştır.
Ayios Pandeleymon
Kayıtlara göre kuzeybatıda bulunuyormuş. Aşağıdaki Ayios Nikolaos Kilisesi gibi, denizciler tarafından azizlerin anısına inşa edildiği rivayet edilmektedir.
Ayios Nikolaos
Kuzeybatıda ve Azizlerin anısına inşa edilmiş olduğu bilinmektedir.
Profiti İliya Kilisesi
Eskiden Kurufitilya denilen tepenin zirvesinde bulunuyordu. Zaman içersinde yıkıldı. Kurtuluş Savaşının ilk asker kurşununun anısına tepeye “İlk Kurşun Tepesi” dendii. Şimdi bu tepede Rehabilitasyon Merkezi olarak kullanılan büyük bir yapı mevcut bulunmaktadır.
Ayos Dimitriyos
Şimdiki Halk Eğitim Merkezi’nin yerinde bulunan kilise 1945 yılına dek cami,sonra da Erkek Sanat Okulu Atölyesi olarak kullanıldı.
Ayios Yannis
Cumhuriyet’ten bu yana cami olarak kullanılıyor. Çarşı Camii ya da Saatli Camii olarak biliniyor. 1944 depreminde saat ve çan kulesinin üstü yıkılınca saatiyle anılmaya başlanmıştır.
Meryemana Kilisesi
Yılı bilinmemektedir. Ayvalık’ın alınışından sonra, çıkan bir yangında kül olmuştur. İkinci Pazar yerinde (Küçük Pazar), bulunuyordu. Ayvalık Despotunun ikametgâhı da aynı yerdeydi.
Ayios Yorgi
Şimdiki Çınarlı Camii’dir.
Pazar yeri olarak anılan kent merkezinde yer alan yapı, anıtsal bir görünüme sahiptir. Kapalı yunan haçlı, kubbeli bir plandır. Yapım malzemesinde ağırlıklı olarak sarımsak taşı kullanılmıştır. Cephe düzenlemesinde küçük sütuncelerle oturan kemerli biçimler ve bunların üzerine yerleştirilmiş örgü şebekeler ile pencere biçimleri yapıya etkileyici bir görünüş kazandırmıştır.
İç mekânda yer alan mermer malzemeli, üzeri Barok tarzı bitkisel süslemelere donatılmış ikonostasis (bölme duvarı) kilise döneminden kalma liturjik bir öğedir.
Kato Panayia Kilisesi
Hayrettinpaşa Mahallesi’nde, Gazi İlköğretim Okulu avlusundadır. Hayrettinpaşa Camii olarak ayaktadır. Ayvalık’ın kurucusu olduğu ileri sürülen, Papaz İkonomos’un, kimsesiz kız çocukları için yaptırdığı kaydedilen “Kız Yetiştirme Yurdu” adlı külliyenin bir parçasıydı. Bazalikal planlı ve batıda narteks girişi olan yapı, gerek plan gerek mimari özellikleri açısından sade bir yapıdır.
Faneromeni Kilisesi (Ayazma) (1890)
Hüsnü Uğural Stadı’na giden yol üzerindeki sokaktadır. İçindeki su (ayazma) kutsal sayılmaktadır. Avlusundan çıkan kaynak suyun rüyada önceden görülmesi üzerine bunun bir işaret olduğu düşünülmüş ve suyun çıktığı alana bu kilise yaptırılmıştır. Kilise plan ve mimari anlayış olarak geleneksel Rum Ortodoks Kilise anlayışından farklı bir görselliktedir. Dikdörtgen planlı bazalikal yapının özellikle batı cephesi Antik mimarinin izlerini taşır. Giriş cephesini teşkil eden bu mekan akantus başlıklı Korint tarzı sütunların üzerine binen üçgen alınlıklı bir düzenlemeye sahiptir.Üçgen alınlığın uçları ve tepesinde oturtulmuş bitkisel biçimli akroterler ile alınlığın içine yatay olarak uzanan kabartma motifler cephenin süsleme öğeleridir.
Aya Triyada
13 Nisan Caddesi’nde bulunuyordu. Şu an yerinde Abdulvahit Sağlam İlköğretim Okulu bulunmaktadır.
Ayios Nikolaos
Aynı yol üzerinde Aya Triyada Kilisesi’nden biraz ileride solda bulunuyordu. Biberli Cami adıyla ayaktadır fakat kullanılmamaktadır.
Ayios Vasilios
İzine ve yerine rastlanamamıştır.
Taksiyarhis Kilisesi (1844)
Baş melek Cebrail adını taşıyan Taksiyarhis Kilisesi , Ayvalık kent merkezinde yer alıp, gerek mimari gerekse süsleme içeriği olarak özgünlüğünü büyük ölçüde koruyabilmiştir. Özellikle iç mekan süslemeleri ile adını duyurmuştur. Başpiskoposluk kilisesi olarak yapılmıştır. Kilise, avluya açılan iki anıtsal kapının ardından gelen geniş bir avlu içinde yer alır. Bazalikal planlı kademeli kuruluşlu dış cephe, oldukça sade bir görüntü koyar. Dış cephenin sadeliğine rağmen, kilisenin içi, dönemin süsleme anlayışını yansıtacak kadar zengin bir içeriğe sahiptir. Dıştaki sadelik iç mekânda kendini resimlerden, kabartmalardan ve C ve S kıvrımlı bitkisel bezemelerden oluşmuş Barok tarzı bir süsleme içeriğine bırakır. Özellikle İkonostasis’in üst panolarındaki ikonalar, Girit Ekolüne ait resimlerdir.
Rönesans resim sanatının özelliklerini içinde barındıran, Hıristiyan ikonografisine ait temaların işlendiği bu resimler, gerçekçi ve dengeli bir kompozisyon anlayışına sahiptirler. Bu resimler klasik üslubun son temsilcileri arasında gösterilir. İkonları taşıyan çift renkli mermerden yapılmış yüzeyleri bitkisel kabartmalarla süslü ikonostasisin ve vaaz kürsüsü olarak tanımlanan ambonun plastik etkileri büyüktür.