Είναι διδακτικό να παρατηρήσουμε πώς ο Λούθηρος κινήθηκε από την ανεκτικότητα στο δόγμα εφ' όσον η δύναμη και η βεβαιότητά του αύξαναν.

Μεταξύ των «πλανών», τις οποίες ο Λέων Γ, στην βούλα «EXSURGE DOMINE», κατήγγειλε στον Λούθηρο, ήταν ότι «η καύση των αιρετικών είναι αντίθετος προς το Άγιον Πνεύμα». Στην «Ανοικτή επιστολή προς τους χριστιανούς ευγενείς» (1520) ο Λούθηρος χειροτόνησε τον «καθένα Ιερέα», με το δικαίωμα να ερμηνεύει την Βίβλο κατά την δική του ατομική κρίσιν, και τα προσωπικά του φώτα, και πρόσθετε, «θα έπρεπε να νικήσομε τους αιρετικούς με βιβλία και όχι με την καύση».

Στο δοκίμιο «Περί της κοσμικής εξουσίας» (1522) έγραφε:

«Επί της ψυχής ο Θεός δεν δύναται και δεν θέλει να αφήσει κανένα άλλον να κυβερνά παρά μόνον τον εαυτόν του... Θέλομε να καταστήσομε τούτο τόσο σαφές ώστε να το κατανοήσει ο καθένας και για να δουν οι Γιούνκερ μας, οι πρίγκιπές και οι επίσκοποι, πόσο ανόητοι είναι όταν επιχειρούν να πιέσουν τον λαό,.. να πιστέψει το ένα ή το άλλο πράγμα... δεδομένου ότι η πίστη ή η απιστία είναι υπόθεση της συνειδήσεως του καθενός... Η κοσμική εξουσία θα έπρεπε να περιοριστεί εις την διαχείριση των δικών της υποθέσεων και να επιτρέπει στους ανθρώπους να πιστεύουν το ένα ή το άλλο αναλόγως της ικανότητος και της διαθέσεως αυτών και να μην εξαναγκάζει κανένα δια της βίας. Διότι η πίστη είναι ελεύθερο έργο, στο οποίο κανείς δεν δύναται να εξαναγκασθεί... η πίστη και η αίρεση δεν είναι ποτέ τόσον ισχυρές παρά όταν οι άνθρωποι αντιτίθενται προς αυτές μόνον δια της βίας, χωρίς τον λόγο του Θεού.»

Αλλά ήταν δύσκολο γι' ένα άνθρωπο με τον δυναμικό και θετικό χαρακτήρα του Λουθήρου, να υποστηρίξει ανεκτικότητα, όταν η θέση του κατέστη σχετικώς ασφαλής. Ένας άνθρωπος ο οποίος ήταν βέβαιος ότι κατείχε τον Λόγο του Θεού δεν μπορούσε να ανεχθεί τις αντιρρήσεις προς αυτόν.

Η μετάβαση προς την αδιαλλαξία ήταν ευκολότερη σε ότι αφορούσε τους Εβραίους.

Μέχρι του 1537, ο Λούθηρος υποστήριζε ότι έπρεπε να συγχωρηθούν διότι διατηρούσαν την πίστη των, «εφ' όσον οι ανόητοι δικοί μας, οι πάπες, οι επίσκοποι, σοφιστές και μοναχοί, οι χοντροκέφαλοι αυτοί γάιδαροι, μεταχειρίσθηκαν τους Εβραίους κατά τούτο τρόπον ώστε ο κάθε χριστιανός θα προτιμούσε να ήταν Εβραίος. Πράγματι, εάν εγώ ήμουν Εβραίος και είχα δει τοιούτους ηλιθίους και ανόητους να εξηγούν τον χριστιανισμό, θα προτιμούσα να γίνω χοίρος μάλλον παρά χριστιανός...».

Πιθανόν ο Λούθηρος να είχε αντιληφθεί ότι ο προτεσταντισμός ήταν από μερικές απόψεις μια επάνοδος στον Ιουδαϊσμό, με την απόρριψη του μοναχισμού και της αγαμίας του κλήρου, με την έμφαση την οποία έδινε στην Πάλαιαν Διαθήκη, τους προφήτες και τους ψαλμούς και με την παραδοχή (εξαιρουμένου του Λουθήρου) μιας αυστηρότερης σεξουαλικής ηθικής από αυτήν του ρωμαιοκαθολικισμού.

Απογοητεύθηκε όταν οι Εβραίοι δεν προέβησαν σε αντίστοιχη κίνηση προς τον προτεσταντισμό, η δε αντίρρησή του για την είσπραξη τόκου, συνέτεινε στο να στραφεί εναντίον των Εβραίων δανειστών και κατόπιν κατά των Εβραίων γενικώς.

Όταν ο εκλέκτορας Ιωάννης έδιωξε τους Εβραίους από την Σαξονία (1537) ο Λούθηρος απέρριψε μία έκκληση των Εβραίων προς αυτόν όπως μεσολαβήσει.

Στις «Επιτραπέζιες ομιλίες» του, συνένωνε «Εβραίους και παπιστές» ως άπιστα καθάρματα... δύο περικνημίδες κατασκευασμένες από το αυτά τεμάχιο υφάσματος». Κατά τα τελευταία έτη της ζωής του καταλήφθηκε από μανία αντισημιτισμού, κατήγγειλε τους Εβραίους ως «έθνος σκληροτράχηλο, άπιστο, αλαζονικό, διεστραμμένο, απαίσιο» και απαίτησε όπως τα σχολεία και οι συναγωγές των καταστραφούν δια πυρός.

Οποιοσδήποτε μπορεί, ας πετάξει θειάφι και κατράμι έπ' αυτών. Εάν κανείς μπορούσε να τους ρίξει το πυρ της κολάσεως, θα ήταν ακόμη καλύτερα... Και αυτό πρέπει να γίνει για την τιμήν του Κυρίου ημών και του χριστιανισμού, για να δει ο Θεός ότι είμεθα πράγματι χριστιανοί.

Ας διαλυθούν επίσης και ας καταστραφούν τα σπίτια των... Ας αφαιρεθούν από αυτούς τα βιβλία των προσευχών των και τα Ταλμούδ και όλη η Βίβλος των επίσης· ας απαγορευθεί, επί ποινή θανάτου, στους ραβίνους των να διδάσκουν εις το μέλλον.

Ας κλείσουν γι' αυτούς οι δρόμοι των πόλεων και της υπαίθρου. Ας απαγορευθεί σε αυτούς να ασκούν τοκογλυφία και ας αφαιρεθούν από αυτούς οι θησαυροί των σε χρυσό και σε άργυρο και ας ασφαλισθούν κάπου αλλού.

Και αν όλα αυτά δεν αρκούν, ας τους διώξουμε σαν λυσσασμένους σκύλους από την χώρα.''

Ο Λούθηρος δεν θα έπρεπε να φθάσει στο γήρας. Ήδη το 1522 είχε γίνει παπικώτερος των πάπων.

«Δεν παραδέχομαι», έγραφε, «ότι η θεωρία μου δύναται να κριθή από οιονδήποτε, ούτε καν από τους αγγέλους. Εκείνος ο οποίος δεν δέχεται την θεωρία μου, δεν δύναται να σωθεί»

 Κατά τα 1529 χάρασσε μερικές λεπτές διακρίσεις:

«Κανείς δεν πρέπει να εξαναγκάζεται να ομολογεί την πίστη αλλά και δεν πρέπει να επιτρέπεται σε κανένα να την βλάπτει. Οι αντίπαλοί μας ας προβάλουν τις αντιρρήσεις των και ας ακούσουν τις απαιτήσεις μας. Εάν κατ' αυτόν τον τρόπον προσηλυτισθούν, έχει καλώς, εάν όχι, ας κρατήσουν την γλώσσα των και ας πιστεύουν ό,τι θέλουν... Για να αποφύγουμε αναταραχές, δεν θα έπρεπε, κατά το δυνατόν, να ανεχόμαστε αντίθετες διδασκαλίες εντός του κράτους μας. Ακόμη και άπιστοι θα έπρεπε να εξαναγκάζονται να τηρούν τις δέκα εντολές, να πηγαίνουν στην εκκλησία και να συμμορφώνονται εξωτερικώς.»

Ο Λούθηρος τώρα συμφωνεί με την ρωμαιοκαθολική Εκκλησία ότι «οι χριστιανοί απαιτούν βεβαιότητα, συγκεκριμένα δόγματα και ασφαλή Λόγο του Θεού, τον οποίον να εμπιστεύονται για να ζήσουν και να πεθάνουν με αυτόν».

Όπως η Εκκλησία κατά τους πρώτους αιώνες του χριστιανισμού, διαιρέθηκε και εξασθένησε από το αυξανόμενο πλήθος βίαιων αιρέσεων, αισθάνθηκε ότι ήταν επιβεβλημένο να καθορίσει την πίστη της και να απομακρύνει όλους τους ταραξίες, τοιουτοτρόπως τώρα ο Λούθηρος, στενοχωρημένος από την ποικιλία των φιλέριδων αιρέσεων, οι οποίες φύτρωσαν από τον σπόρο της ατομικής κρίσεως, μετεπήδησε βήμα προς βήμα από την ανεκτικότητα στον δογματισμό.

 «Όλοι οι άνθρωποι έχουν τώρα την αξίωση να κάμουν κριτική του Ευαγγελίου», παραπονιόταν· «σχεδόν ο κάθε ξεμωραμένος γέρος ή φλύαρος σοφιστής θα πρέπει, πράγματι, να γίνει διδάκτωρ της θεολογίας».

Ερεθισμένος από τις προκλήσεις των ρωμαιοκαθολικών ότι είχε εξαπολύσει μία διαλυτική αναρχία πίστεως και ηθών, κατέληξε, συμφωνώντας με την Εκκλησία, ότι η κοινωνική τάξις απαιτούσε κάποιον περιορισμό στις συζητήσεις, κάποια ανεγνωρισμένη αυθεντία, η οποία θα χρησίμευε ως «άγκυρα της πίστεως». Τι θα έπρεπε να είναι αυτή η αυθεντία; Η Εκκλησία απαντούσε ότι έπρεπε να είναι η Εκκλησία, διότι μόνον ένας ζωντανός οργανισμός θα μπορούσε να προσαρμόσει τον εαυτόν του και τις Γραφές στις αναπόφευκτες μεταβολές.

Όχι, έλεγε ο Λούθηρος, μοναδική και τελική αυθεντία έπρεπε να είναι η Βίβλος, δεδομένου ότι όλοι αναγνωρίζουν ότι είναι ο Λόγος του Θεού.

Στο δέκατον τρίτον κεφάλαιο του Δευτερονομίου, του αλάθητου αυτού βιβλίου, βρήκε μία ρητή εντολή, θεώρησε ότι προερχόταν από το στόμα του Θεού, να θανατώνονται οι αιρετικοί: «και ου φείσεται ο οφθαλμός σου επ' αυτώ, ουκ επιποθήσεις επ' αυτώ, ούδ' ου μη σκεπάσης αυτόν», έστω και αν ήτο ο αδελφός σου ή ο υιός σου ή η γυνή σου η εν κόλπω σου... «και αι χείρες σου έσονται επ' αυτόν εν πρώτοις αποκτείναι αυτόν».

Με βάση το τρομερό αυτό ένταλμα, η Εκκλησία ενέργησε κατά τον δέκατον τρίτο αιώνα, εξαφανίζοντας τους Αλβιγηνούς. Η θεία αυτή κατάρα είχε γίνει πιστοποιητικό εξουσίας για τις καύσεις της Ιεράς εξετάσεως. Παρά την βιαιότητα των λόγων του, ο Λούθηρος ουδέποτε συναγωνίστηκε την Εκκλησία σε αυστηρότητα όταν ενεργούσε κατά αντιφρονούντων, αλλά ενεργούσε, εντός του χώρου και των ορίων της εξουσίας του, να τους επιβάλει σιγή ειρηνικώς εφ' όσον μπορούσε.

Το 1525 επικαλέσθηκε την βοήθεια υφισταμένων διατάξεων λογοκρισίας για να εμποδίσει την εκτύπωση των «βλαβερών θεωριών» των Αναβαπτιστών και των Ζβιγγλιανών.

Το 1530, στο σχόλιό του επί του 82ου ψαλμού, συνέστησε στις κυβερνήσεις να θανατώνουν όλους τους αιρετικούς οι όποιοι κήρυτταν την επανάσταση ή εναντίον της ατομικής ιδιοκτησίας και «εκείνους οι οποίοι διδάσκουν εναντίον ενός σαφούς άρθρου της πίστεως... όπως είναι τα άρθρα τα οποία μαθαίνουν τα παιδιά στην κατήχηση. Όπως π.χ. εάν κανείς θα δίδασκε ότι ο Χριστός δεν ήταν Θεός άλλα απλός άνθρωπος»

Ο Σεβαστιανός Φρανκ, θεωρούσε ότι υπήρχε μεγαλύτερη ελευθερία του λόγου μεταξύ των Τούρκων παρά στα λουθηρανικά κράτη ο δε Λέων Γιούντ, ο ζβιγγλιανός, συνετάχθη με τον Κάρλστατ στο να ονομάσει τον Λούθηρο δεύτερο Πάπα.

Θα πρέπει, εν τούτοις, να σημειώσουμε ότι περί τα τέλη του βίου του ο Λούθηρος επανήλθε στα παλαιά του αισθήματα της ανεκτικότητας. Στο τελευταίο του κήρυγμα συνέστησε την εγκατάλειψη πάσης προσπάθειας εξαλείψεως των αιρέσεων δια της βίας, «πρέπει να ανεχόμαστε υπομονητικά τους ρωμαιοκαθολικούς και τους Αναβαπτιστές μέχρι της Μελλούσης Κρίσεως, όταν ο Χριστός θα λάβει μέριμνα γι' αυτούς.

Άλλοι μεταρρυθμιστές συναγωνίσθηκαν ή υπερέβαλαν τον Λούθηρο στην καταδίωξη των αιρέσεων.

Ο Μπούσερ του Στρασβούργου παρακινούσε τις πολιτικές αρχές στα προτεσταντικά κράτη να εξοντώσουν όλους εκείνους οι οποίοι πίστευαν μία «ψευδή» Θρησκεία. Τοιούτοι άνθρωποι, έλεγε, είναι χειρότεροι από φονιάδες· ακόμη και οι σύζυγοι και τα τέκνα και τα ζώα των έπρεπε να καταστραφούν.

Ο σχετικώς ήπιος Μελάγχθων αποδέχθηκε την προεδρία της κοσμικής Ιεράς Εξετάσεως η οποία κατέπνιξε τους Αναβαπτιστές στην Γερμανία με φυλακίσεις και θανατώσεις.

 «Γιατί να οικτίρομε τέτοιους ανθρώπους περισσότερο από ό,τι τους οικτίρει ο Θεός;» ρωτούσε, διότι ήταν πεπεισμένος ότι ο Θεός προόριζε όλους τους Αναβαπτιστές για την κόλαση. Συνέστησε όπως η μη παραδοχή του βαπτίσματος των νηπίων ή του προπατορικού αμαρτήματος ή της πραγματικής παρουσίας του Χριστού στην Ευχαριστία, τιμωρείται ως κεφαλαιώδες έγκλημα.

Επέμενε όπως καταδικασθεί σε θάνατον ένας αιρετικός ο οποίος πίστευε ότι οι ειδωλολάτρες μπορούσαν να σωθούν και ένας άλλος ο οποίος αμφέβαλλε αν η πίστη στον Χριστό ως λυτρωτή θα μπορούσε να μεταβάλει ένα φύσει αμαρτωλό σε δίκαιο.

Ζήτησε από το κράτος να εξαναγκάσει τον λαό να προσέρχεται κανονικώς στις προτεσταντικές ιεροτελεστίες.

 Απαίτησε την απαγόρευση όλων των βιβλίων τα όποια αντιτίθονταν ή εμπόδιζαν την λουθηρανή διδασκαλία. Τοιουτοτρόπως, τα συγγράμματα του Ζβιγγλίου και των οπαδών του είχαν επισήμως καταγραφεί στον κατάλογο των απαγορευμένων βιβλίων στην Βιττεμβέργη. Ενώ ο Λούθηρος ήταν ικανοποιημένος με την εκδίωξη των ρωμαιοκαθολικών από τις περιοχές που οι λουθηρανοί ηγεμόνες διοικούσαν, ο Μελάγχθων ευνοούσε σωματικές ποινές. Και οι δύο συμφωνούσαν ότι η πολιτική εξουσία ήταν υποχρεωμένη εκ καθήκοντος να διαδίδει και να υποστηρίζει τον «νόμο του Θεού», δηλ. τον λουθηρανισμό. Εν τούτοις ο Λούθηρος συμβούλευε ότι όπου υπάρχουν δύο μερίδες σε ένα κράτος, η μειοψηφία όφειλε να υποτάσσεται στην πλειοψηφία. Σε ένα χαρακτηριστικό ρωμαιοκαθολικό πριγκιπάτο, οι προτεστάντες θα έπρεπε να υποχωρήσουν και να μεταναστεύσουν. Σε μία χαρακτηριστικώς προτεσταντική επαρχία οι ρωμαιοκαθολικοί όφειλαν να ενδώσουν και να αναχωρήσουν. Αν αντιστέκονταν τότε θα έπρεπε να τιμωρηθούν αποτελεσματικά.

Οι προτεσταντικές αρχές, ακολουθώντας ρωμαιοκαθολικά προηγούμενα, παραδέχθηκαν την υποχρέωση να τηρούν την θρησκευτική συμμόρφωση. Στο Άουγκσμπουργκ (18 Ιανουαρίου 1537) το δημοτικό συμβούλιο εξέδωσε διάταγμα, δια του οποίου απαγόρευε την ρωμαιοκαθολική λατρεία και εξόριζε μετά οκταήμερο, όλους όσους δεν θα αποδέχονταν την νέα πίστη. Μετά την εκπνοή της προθεσμίας, το συμβούλιο απέστειλε στρατιώτες να καταλάβουν όλες τις εκκλησίας και τα μοναστήρια· θυσιαστήρια και αγάλματα αφαιρέθηκαν, ιερείς, μοναχοί και μοναχές εξορίστηκαν.

Η Φραγκφούρτη επί του Μάιν εξέδωσε παρόμοιο διάταγμα η δε κατάσχεση των περιουσιών των ρωμαιοκαθολικών εκκλησιών και η κατάργηση της ρωμαιοκαθολικής λειτουργίας επεκτάθηκαν σε όλα τα κράτη τα οποία έλεγχαν οι προτεστάντες. Η λογοκρισία του τύπου, η οποία είχε ήδη καθιερωθεί στις ρωμαιοκαθολικές περιοχές, έγινε δεκτή και από τους προτεστάντες· τοιουτοτρόπως ο εκλέκτορας της Σαξονίας Ιωάννης, κατόπιν αιτήσεως του Λουθήρου και του Μελάγχθονος, εξέδωσε (1528) ένα διάταγμα, δια του οποίου απαγόρευε την δημοσίευση, την πώληση και την ανάγνωση της Ζβιγγλιανής ή της Αναβαπτιστικής φιλολογίας καθώς και το κήρυγμα ή την διδασκαλία των θεωριών των, «και οιοσδήποτε πληροφορηθεί ότι τούτο γίνεται από οποιονδήποτε, είτε ξένο είτε γνώριμό του, πρέπει να πληροφορεί τους... άρχοντας του τόπου ίνα ο δράστης συλληφθεί εγκαίρως και τιμωρηθεί... Όσοι πληροφορηθούν τοιαύτας παραβάσεις των διαταγών... και δεν παράσχουν τις δέουσες πληροφορίες, θα τιμωρούνται με την απώλεια της ζωής ή της περιουσίας των».

Ο αφορισμός, όπως η λογοκρισία, υιοθετήθηκε εκ μέρους των προτεσταντών από τους ρωμαιοκαθολικούς. Η Ομολογία του Άουγκσμπουργκ [γνωστή ως Αυγουσταία Ομολογία] του 1530 διακήρυξε το δικαίωμα της Λουθηρανής Εκκλησίας να αφορίζει πάν μέλος αυτής το οποίο θα απέρριπτε ένα βασικό λουθηρανικό δόγμα. Ο Λούθηρος εξήγησε ότι «παρ' όλον ότι ο αφορισμός στην παποσύνη χρησιμοποιείται και υφίσταται επαίσχυντη κατάχρηση και έχει γίνει ένα απλό βασανιστήριο, εν τούτοις δεν πρέπει να τον καταργήσουμε αλλά να κάνουμε ορθή χρήση αυτού, όπως διέταξε ο Χριστός».