Ο Αυτοκράτορας Μιχαήλ Παλαιολόγος, ο απελευθερωτής της Κωνσταντινούπολης [1261], βοήθησε την αυτοκρατορία να αντιμετωπίσει χωρίς ζημίες τις άμεσες κρίσεις. Το Κράτος ήταν ακόμη πλούσιο. Η λιτότητα των Νικαέων είχε αφήσει τα θησαυροφυλάκια πλήρη. Η Ιταλική κατάκτηση τού μεταφορικού εμπορίου δεν έβλαπτε, άλλα μάλλον ενίσχυσε τη σπουδαιότητα των αγορών στην Κωνσταντινούπολη· ενώ η Θεσσαλονίκη, η δεύτερη πόλη της Αυτοκρατορίας, ως κύριο λιμάνι της χερσονήσου του Αίμου, γνώριζε μεγάλη ευημερία.

Άφησε όμως την αυτοκρατορία εσωτερικά διχασμένη. Ήταν σφετεριστής· είχε υποσχεθεί ότι θα σεβόταν τα δικαιώματα και τα προνόμια τού νεαρού νόμιμου αυτοκράτορα Ιωάννη Δ'. Όταν με ωμό τρόπο καταπάτησε τις υποσχέσεις του [τυφλώνοντας τον δεκάχρονο διάδοχο] ο Πατριάρχης Αρσένιος τον αφόρισε, και αυτός με τη σειρά του εκθρόνισε τον Πατριάρχη. Αυτό προκάλεσε σχίσμα στην Εκκλησία. Ενώ οι περισσότεροι Επίσκοποι ήταν έτοιμοι να δώσουν άφεση στον αυτοκράτορα, εφ' όσον εκδήλωνε τη μετάνοιά του, πολλοί από τον κατώτερο κλήρο και οι μοναχοί, που πάντοτε δυσανασχετούσαν με τον αυτοκρατορικό έλεγχο στην Εκκλησία, συνέχισαν να θεωρούν το Μιχαήλ αναθεματισμένο και να αναγνωρίζουν ως Πατριάρχη τον Αρσένιο. Οι "Αρσενίτες", όπως ονομάστηκαν από το όνομα τού μάλλον απρόθυμου αρχηγού τους, σχημάτισαν επί μία γενεά κόμμα που δεν δεχόταν τη συνεργασία με την Πολιτεία, μετά το θάνατο όμως τού Μιχαήλ, το 1282, το κόμμα έχασε τη σπουδαιότητά του.

Άλλα η πολιτική του Μιχαήλ είχε δημιουργήσει και άλλη, μονιμότερη διαίρεση. Η επιθυμία του να αποτρέψει επιθέσεις από τη Δύση τον είχε οδηγήσει στο συμπέρασμα ότι πολιτικά ήταν επιθυμητή μία επανένωση της Εκκλησίας της Κωνσταντινούπολης με την Εκκλησία της Ρώμης, έστω και αν η Ρώμη απαιτούσε ως τίμημα για την ένωση την υποταγή της Κωνσταντινούπολης. Η πολιτική αυτή ήταν το έναυσμα για μια διαμάχη που έμελλε να διαρκέσει, με ποικίλους βαθμούς εντάσεως, ως την πτώση της Αυτοκρατορίας το 1453. Στο εξής, ενώ κάθε εγγράμματος Βυζαντινός έπρεπε να αποφασίσει εάν συνέφερε ή όχι η υποταγή της Εκκλησίας του στη Ρώμη, ο πολύς κόσμος, στον οποίο η ιδέα της υποταγής ήταν αποκρουστική, ήταν έτοιμος να στραφεί εναντίον κάθε αυτοκράτορα ή υπουργού που θα επιχειρούσε να προαγάγει την ένωση.

Μετά το θάνατο τού Μιχαήλ, η αυτοκρατορία πολιτικά και οικονομικά άρχισε να παίρνει με σταθερό ρυθμό την κατιούσα. Ο γιος και διάδοχός του Ανδρόνικος Β΄ ήταν άνθρωπος εξαιρετικά μορφωμένος και με μεγάλη προσωπική χάρη, αλλά ως κυβερνήτης μάλλον ανεπαρκής. Αποκατέστησε την ειρήνη μεταξύ των υπηκόων του με την άρση τού σχίσματος των Αρσενιτών και με την αποκήρυξη της ενώσεως με τη Ρώμη που είχε δεχτεί ο πατέρας του στη Σύνοδο της Λυών.

Αλλά οι Οθωμανοί Τούρκοι αποτελούσαν τώρα απειλή που δεν μπορούσε κανείς να αγνοεί. Για να τους αναχαιτίσει, ο Ανδρόνικος κατέφυγε στη στρατολόγηση ξένων μισθοφόρων, μελών της ανυπόληπτnς Καταλανικής Εταιρείας, με αποτέλεσμα να ερημώσουν οι μισθοφόροι τη δική του επικράτεια, χωρίς να κάνουν τίποτε για να σταματήσουν την προέλαση των Τούρκων. Στο τέλος, έπειτα από μακρά βασιλεία, λαμπρή για τα επιτεύγματα στα γράμματα και στις τέχνες, άλλα κατά τα άλλα γεμάτη καταστροφές, άρχισε να χάνει την παλαιά του δημοτικότητα. Ο πρεσβύτερος γιος του είχε ήδη πεθάνει· την ηγεσία των αντιπάλων του ανέλαβε ο εγγονός του, Ανδρόνικος ο Γ΄, ο οποίος, ύστερα από εμφύλιο πόλεμο που κράτησε επτά έτη και παρουσίασε εξάρσεις και υφέσεις, πέτυχε να εκθρονίσει τον παππού του το 1328.

Ο Ανδρόνικος ο Γ΄, με τη βοήθεια τού ικανού πρωθυπουργού του Ιωάννη Καντακουζηνού, αποδείχτηκε σθεναρότερος ηγέτης. Στις ημέρες του η αυτοκρατορία σημείωσε μερικές επιτυχίες στη Θεσσαλία και στην κυρίως Ελλάδα. Αλλά ο εμφύλιος πόλεμος είχε προκαλέσει ανεπανόρθωτες ζημίες. Όταν πέθανε το 1341, η αυτοκρατορία είχε υπό την εξουσία της λίγες μόνο απομονωμένες πόλεις στην Ασία, ενώ οι Σέρβοι είχαν φτάσει στις πύλες της Θεσσαλονίκης. Τα πενήντα χρόνια της βασιλείας του γιου του, Ιωάννη τού Ε' (1341-1391), ήταν περίοδος αδιάκοπων συμφορών. Ο Ιωάννης ήταν δέκα ετών όταν ανέβηκε στο θρόνο. Απομακρύνθηκε από την εξουσία τρεις φορές, από τον πεθερό, το γιό, και τον εγγονό του, αλλά ποτέ δεν εκθρονίστηκε και πέθανε ως αυτοκράτορας.

Η βασιλεία άρχισε με εξαετή εμφύλιο πόλεμο. Ο Ιωάννης Καντακουζηνός, που έβλεπε τις προσδοκίες του για την αντιβασιλεία να ματαιώνονται, προσέφυγε στα όπλα και τελικά κατόρθωσε να αναγνωριστεί ως πρεσβύτερος συμβασιλεύς του νεαρού Ιωάννη του Ε', στον οποίο έδωσε ως σύζυγο την κόρη του. Άλλα ο Ιωάννης ΣΤ' ο Καντακουζηνός ανατράπηκε το 1354 από μια συνωμοσία. Κυβέρνησε χωρίς σθένος επί δεκαεννέα έτη, ως ότου ο μεγαλύτερος γιος του, Ανδρόνικος ο Δ΄, τον ανέτρεψε, την πρώτη φορά το 1373 για λίγους μήνες, και αργότερα από το 1376 ως το 1379.

Ο Ανδρόνικος συνέχισε να συνωμοτεί ως, το θάνατό του το 1385.

Το 1390 ο Ιωάννης ο Ζ', γιος του Ανδρονίκου, ανάγκασε το γέροντα παππού του να αποσυρθεί από την εξουσία έναν περίπου χρόνο πριν από το θάνατό του.

Οι συνωμοσίες και οι εμφύλιες συρράξεις ήταν καταστρεπτικές για το Κράτος. Εξαντλούσαν το δημόσιο πλούτο·  εξάρθρωναν το εμπόριο·  προκαλούσαν την επέμβαση ξένων δυνάμεων των οποίων τη βοήθεια κανένα από τα αντιμαχόμενα μέρη δεν είχε τον παραμικρό δισταγμό να επιζητήσει. Αποτέλεσμα ήταν ότι μετά το 1340 οι Τούρκοι κατόρθωσαν να εγκατασταθούν στην Ευρώπη και γύρω στα 1360 να ελέγχουν ολόκληρη την επαρχία της Θράκης.

Η Σερβία γινόταν διαρκώς ισχυρότερη, και ίσως να είχε καταλάβει όλη την αυτοκρατορία εάν δεν ξεσπούσαν ταραχές μετά το θάνατό του μεγάλου Σέρβου ηγεμόνα Στεφάνου Δουσάν το 1355. Στο τέλος, εκείνοι που εξουδετέρωσαν τη σερβική απειλή ήταν οι Τούρκοι. Στα χρόνια που ακολούθησαν τη μεγάλη νίκη τους κατά των Σέρβων και Βουλγάρων στον Έβρο το 1371, οι Τούρκοι προσάρτησαν το μεγαλύτερο μέρος της Βουλγαρίας και, μετά την ακόμη μεγαλύτερη νίκη τους στο Κοσσυφοπέδιο το 1389, ολόκληρη σχεδόν τη Σερβία.

Όταν πέθανε ο Ιωάννης ο Ε', οι τουρκικές κτήσεις έφθαναν ως το Δούναβη, ενώ τη Χριστιανική αυτοκρατορία, εκτός από την Κωνσταντινούπολη και τα περίχωρά της, την αποτελούσαν μια μικρή σειρά λιμένων στις ακτές της Χερσονήσου τού Αίμου, λίγα μικρά νησιά στο Αιγαίο και η Πελοπόννησος. Εκεί ηγεμόνευαν οι νεότεροι βλαστοί της αυτοκρατορικής οικογένειας και ήταν το μόνο μέρος όπου τα βυζαντινά όπλα και η βυζαντινή διπλωματία σημείωναν ακόμη κάποιες επιτυχίες. Το 1387 οι Τούρκοι είχαν καταλάβει προσωρινά τη Θεσσαλονίκη και το 1394 την ενσωμάτωναν στις κτήσεις τους. Λίγο πριν η μετά το 1375 ο αυτοκράτορας είχε αναγνωρίσει την επικυριαρχία του Τούρκου Σουλτάνου. [… ]

Ο δέκατος τέταρτος αιώνας ήταν, με άλλους λόγους, για το Βυζάντιο, αιώνας παρακμής, χωρίς δυνατότητα θεραπείας. Οι αξιοθαύμαστες προσπάθειες του αυτοκράτορα Μανουήλ του Β΄, που διαδέχθηκε τον πατέρα του Ιωάννη τον Ε' το 1391, δεν απέδωσαν καρπούς, έστω και αν οι Τούρκοι αναχαιτίστηκαν για ένα διάστημα μετά την εισβολή του Ταμερλάνου στη Χερσόνησο της Ανατολής, και τη νίκη του κατά του Σουλτάνου στην Άγκυρα. Το Βυζάντιο πήρε απλώς αναστολή. Λίγες πόλεις, μεταξύ των οποίων και η Θεσσαλονίκη, αποδόθηκαν και πάλι στην αυτοκρατορική εξουσία αν και οι Τούρκοι ανέκτησαν τη Θεσσαλονίκη το 1430, την οποία ο απελπισμένος διοικητής της είχε πουλήσει στους Βενετούς το 1423.

Ο Μανουήλ προσωπικά, ως το τέλος της βασιλείας του, όταν ανέλαβε την εξουσία ο γιος του Ιωάννης ο Η', είχε αρκετά καλές σχέσεις με τους Τούρκους. Αλλά η Κωνσταντινούπολη, όπως και όλη η αυτοκρατορία, ήταν σαφώς καταδικασμένες.

Το ζήτημα που κυριάρχησε στη βασιλεία του Ιωάννη του Η' (1425-1448) ήταν η ένωση με τη Ρώμη, η πολιτική που, όπως πίστευε ο αυτοκράτορας, μπορούσε να επιτύχει τη βοήθεια που, πιθανόν, να έσωζε την αυτοκρατορία, αλλά την οποία παρά την πίεση των πραγμάτων απέρριπτε η πλειοψηφία των υπηκόων του.